An exponierter Stelle im Hauptchor steht als Höhepunkt der Altäre in St. Nicolai der Hochaltar. Mit 6 Metern Höhe und fast 5 Metern Breite sind schon allein die Abmessungen eindrucksvoll. Der Altar besteht aus mehr als 200 geschnitzten Figuren und 20 Gemälden auf den Flügeln.

Die Bruderschaft Unserer Lieben Frau wollte, so wird angenommen, zur sich nähernden Vollendung der Kirche und ihrer Ausstattung einen repräsentativen Altar in Auftrag geben. Damit wollte man Gott für seine Glaubenswahrheiten danken, gleichzeitig sollte der Altar aber auch Leseunkundigen über das Jahr hinweg möglichst viele Sonntags- und Feiertagsevangelien bildlich nahebringen und so die Vermittlung der christlichen Botschaft unterstützen.

Den Auftrag für den Hochaltar erteilte die Bruderschaft Unserer Lieben Frau 1488 an Meister Arnt von Zwolle. Nach dessen Tod schuf Jan van Halderen zwei Szenen der Predella, nämlich den Einzug in Jerusalem und das Abendmahl. Die Fertigstellung des Altars erfolgte durch Ludwig Jupan aus Marburg im Jahre 1500. Die Flügel wurden 1506 bis 1508 oder 1509 von Jan Joest bemalt.

Der Altarschrein zeigt die Passion Christi, auf den Flügeln sind der junge Jesus und sein späteres öffentliches Leben sowie Szenen aus der Passion zu sehen, die im geschnitzten Mittelteil keinen Platz gefunden hatten.

Im geöffneten Zustand steht also das Leiden Christi im Vordergrund. Das beginnt mit den Darstellungen der Predella und setzt sich im Schnitzwerk oben links mit den Szenen in Gethsemane fort. Immer wieder muss man die Bildtafeln in die Betrachtung einbeziehen. Die Darstellung schließt auf der rechten Seite mit Auferstehung, Himmelfahrt, Pfingsten und dem Tod Mariens.

Die beiden Bildtafeln ganz oben zeigen das Opfer Abrahams und Moses mit der ehernen Schlange.

Vom Advent bis zum 2. Februar werden bei geschlossenem Altar in zehn Bildern die Geburt und das Leben Jesu gezeigt, von der Verkündigung über die Tempelszene mit den Schriftgelehrten, die Taufe, die Verklärung, das Treffen mit der Samariterin bis hin zur Auferweckung des Lazarus, dargestellt auf dem Marktplatz von Kalkar. Man darf davon ausgehen, dass für viele Figuren Menschen aus dem Kalkar der damaligen Zeit Modell gestanden haben.

Die Entstehungsgeschichte des Hochaltars lässt sich anhand erhaltener Archivalien gut belegen und liest sich spannend wie ein Roman. Sie ist im großen Kirchenführer zu St. Nicolai enthalten – ebenso wie eine ausführliche Beschreibung des Altars und aller übrigen Altäre sowie rund fünfzig weiterer Kunstwerke in St. Nicolai.